Die Gesamtkonfiguration von ELOxc wird im XML-Format gespeichert. Ihre Gesamtheit setzt sich aus einer Vielzahl einzelner XML-Fragmente zusammen, die durch XML-Schemadefinition typisiert werden. Das erste Fragment, welches bei Dienstart zuerst ausgewertet wird, ist ELOxc.xml und befindet sich im Installationsverzeichnis von ELOxc. In diesem Fragment stehen die Basisparameter des ELOxc Dienstes und die registrierten ELOxc Instanzen. Pro Instanz sind die Parameter für eine ELOix Verbindung erforderlich, die dazu verwendet werden, die Instanzenkonfiguration im zugehörigen ELO Archiv zu ermitteln. Der Hauptteil der Instanzenkonfiguration befindet sich immer im Archiv unter // Administration // ELOxc Base // SERVICE.

In der Regel wird ELOxc auf diese Weise lediglich an ein Archiv gebunden, aber durch die Bindung einer Instanz an einen ELOix sind auch verteilt vorliegende Instanzen möglich. Wird aber eine Instanz an einen ELOix gebunden, so bestimmt dieser auch das Archiv, das während der Verarbeitung als Archivierungsziel verwendet wird. Diese Archivbindung wirkt sich damit zwangsläufig auf alle archivbezogenen Verarbeitungsschritte aus. Deshalb sollte von Beginn an die Wahl der Zielarchive und ihre Anzahl sorgfältig bedacht werden.